המחלקה לכירורגיה של חיות מחמד בבית החולים הווטרינרי האוניברסיטאי שמה לעצמה למטרה לאבחן ולטפל בכל מגוון המחלות בתחום הכירורגיה של חיות מחמד, ברמה הגבוהה ביותר, תוך שימת דגש על טובת בעל החיים ובעליו. תפקיד חשוב נוסף של צוות המחלקה הוא חינוך והכשרה של סטודנטים לווטרינריה והכשרת מומחים בתחום הכירורגיה הוטרינרית.
צוות המחלקה הכירורגית אחראי, בנוסף לביצוע הניתוחים עצמם, גם על האבחון והטיפול במחלות ובעיות אורטופדיות, על ההערכה של מקרים עם גידולים או חשד לגידול (בשיתוף עם המחלקה האונקולוגית) ועל ההערכה של מחלות שונות אשר סביר שהטיפול בהן הוא כירורגי (עפ"י שיקול דעתו של הווטרינר המפנה וצוות קביעת התורים). כמו כן נותנת המחלקה שירות לשאר המחלקות בבית החולים – מחלקת החירום והטיפול הנמרץ, מחלקת הרפואה הפנימית, מחלקת אונקולוגיה, מחלקת קרדיולוגיה ומחלקת החיות האקזוטיות - במקרים בהם הטיפול במחלה מחייב גם פרוצדורה כירורגית.
בכל יום מתחלקת עבודת המחלקה בין שלושה צוותים – צוות שמקבל מקרים חדשים, בודק ומאבחן אותם ומבצע ביקורות למקרים שטופלו במחלקה בעבר, צוות שמבצע ניתוחים מתוכננים, וצוות שאחראי לניתוח מקרי חירום (כגון נפגעי תאונות, פציעות וכד'). בנוסף, בכל יום בשבוע, 365 ימים בשנה, ולאורך כל שעות היממה (כולל שבתות וחגים) איש צוות אחד לפחות נמצא בכוננות למצב בו יידרש לבצע ניתוחי חירום.